הבניין עצמו נבנה בשנת 1886. עכשיו קשה להאמין, אבל באותן שנים היהודים היוו מחצית מאוכלוסיית קישינב. החל משנות ה-1910 שכנו במקום בית כנסת וישיבה בראשות הרב יהודה לייב זירלסון המפורסם והבולט, ממייסדי ומנהיגי תנועת אגודת ישראל העולמית.

הפרדוקס ההיסטורי העצוב היה העובדה שבשנות הכיבוש הנאצי שכנה בבניין הגסטפו המקומי. בתקופה שלאחר המלחמה, החדר, כמובן, הולאם על ידי המדינה הסובייטית היה ממוקם כאן לשכת התעסוקה.

המקום נרכש בשנת 1991 לאחר קבלת עצמאותה של מולדובה. מאותה תקופה חודשה הפעילות בבניין בית הכנסת והישיבה, ולפני מספר שנים החל תהליך של התחדשות ופיתוח קהילה דתית ותרבותית מלאה בהנהגתו של הרב פנחס זלצמן.